Fue presidente del BCRA desde el 11 de diciembre de 2002 hasta el 23 de septiembre de 2004, fecha en que completó el mandato determinado por la Carta Orgánica. Durante la primera parte de su gestión, el presidente de la Nación fue Eduardo Duhalde, quien entregó el mando a su sucesor Néstor Kirchner el 25 de mayo de 2003. Durante ambas partes del mandato de Allfonso Prat-Gay, el Ministerio de Economía y Producción estuvo a cargo de Roberto Lavagna. Su sucesión recayó en Martín Redrado.